Em 2005 e 2009, o CEPFS conquistou o Selo de Inovação Social, através da participação no Prêmio de Inovação Social na América Latina e Caribe, promovido pela CEPAL (órgão das Nações Unidas) e Fundação W.K. Kellogg. O objetivo da iniciativa foi identificar e reconhecer o mérito de iniciativas inovadoras na América Latina e Caribe, na área de desenvolvimento social, a partir da análise e sistematização de resultados, permitindo assim referenciais para reaplicação.
Já em 2018 e 2019, foi certificado pelo instituto DOAR com o selo de Gestão e Transparência que é um atestado independente, concedido pelo Instituto Doar às organizações sem fins lucrativos que comprovam sua adequação aos critérios do PGT. Deste modo, o certificado tem como função incentivar, legitimar e destacar o profissionalismo e a transparência nas organizações sociais brasileiras.
Em 2020 o CEPFS passou pelo mesmo processo de certificação do Instituto Doar. Desta vez, de 52 pontos, o CEPFS alcançou 48, qualificando-se como organização certificada com o Selo A+.
Outra conquista importante do CEPFS foi ser premiado por cinco anos seguidos (2018, 2019, 2020, 2021 e 2022) como uma das 100 melhores ONGs do Brasil. Em 2020 foi considerada também a melhor ONG do Nordeste pela mesma premiação. Acesse o site do Melhores ONGS para mais informações: Site Melhores ONGS.